Owczarek podhalański jest bardzo starą rasą regionalną. W wyniku wielopokoleniowej selekcji uzyskano psy białe, duże, odporne i odważne, zdolne do samodzielnej pracy. Zwierzęta były hodowane w izolacji geograficznej w rejonie Tatr, zarówno po polskiej, jak i słowackiej stronie. Tradycja głosi, że szczególnie dorodne psy pochodziły z okolic słowackiego Liptowa, skąd wzięła się ich regionalna nazwa – liptoki.
W 2006 roku Koło Naukowe na Wydziale Nauk o Zwierzętach Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie opublikowało pracę „Ocena pokrewieństwa białych psów pasterskich – stróżujących na podstawie badań DNA”. Wyniki badań wykazały, że podział dokonany przez FCI, rozróżniający rasy tak podobne jak: owczarek podhalański, czuwacz słowacki, kuvasz czy cane da pastore Maremmano-Abruzzese, a należące do grupy I FCI, jest zasadny.