Lizbona cieszyła się pewnym zakresem swobody związanym z nieudanymi próbami przeniesienia aparatu administracyjnego kolonii portugalskich (Estado da India) do Madrytu oraz dzięki sprawnej polityce gospodarczej, opartej głównie na handlu z koloniami i faktoriami portugalskimi w Indiach Wschodnich.
Po śmierci Filipa III Uceda został odsunięty od władzy przez faworyta nowego monarchy hrabiego Olivaresa. Pozostawał w odosobnieniu, bez możności porozumienia się z kimkolwiek, na zamku w Torrejón de Velasco w pobliżu Madrytu. Nałożono na niego również bardzo ciężką grzywnę w wysokości 20 000 dukatów za bezprawne przywłaszczenia. Później uzyskał królewskie ułaskawienie i starał się o posadę wicekróla Katalonii. Został jednakże ponownie uwięziony, tym razem w więzieniu w Alcalá de Henares, gdzie też zmarł.
Życie prywatne Uceda poślubił w 1597 r. Marianę de Padilla Manrique, córkę Martína de Padilla Manrique, I hrabiego de Santa Gadea i Adelantado Mayor Kastylii oraz Luisy Manrique de Lara, VIII hrabiny Buendía.