Kariera reprezentacyjna thumb|Deco grający dla Portugalii Deco nigdy nie doczekał się powołania do reprezentacji Brazylii. Z tego powodu wielokrotnie wspominał o możliwości gry w reprezentacji Portugalii. W 2002 roku, po sześciu latach spędzonych w tym kraju otrzymał obywatelstwo. W kadrze zadebiutował 23 marca 2003 roku w spotkaniu ze swoim rodzimym krajem – Brazylią. W 82 minucie tego spotkania pokonał bramkarza rywali, Marcosa i zapewnił swojej drużynie pierwsze od 37 lat zwycięstwo nad Canarinhos. W 2004 roku Deco został powołany do reprezentacji na Mistrzostwa Europy. Jego drużyna doszła do finału imprezy w którym uległa 0:1 w meczu przeciwko Grecji. Deco wystąpił we wszystkich sześciu meczach turnieju. Kolejną dużą imprezą na którą piłkarz został powołany były Mistrzostwa Świata w Niemczech. Tam Portugalczycy spisywali się dobrze. Odpadli dopiero w półfinale, a następnie przegrali w meczu o trzecie miejsce z gospodarzami. Deco wystąpił w czterech spotkaniach i zdobył jednego gola (przeciwko Iranowi). Naturalizowany piłkarz dostał również powołanie na EURO 2008. Jego reprezentacji bez większych problemów wyszła z grupy, jednak już w ćwierćfinale nie sprostała późniejszym wicemistrzom Starego Kontynentu – Niemcom.