10 września 2014 Jean-Claude Juncker ogłosił nominację Elżbiety Bieńkowskiej na komisarza Komisji Europejskiej ds. rynku wewnętrznego i usług, przemysłu, przedsiębiorczości oraz małych i średnich przedsiębiorstw. 22 września 2014 przestała pełnić urząd wicepremiera oraz ministra infrastruktury i rozwoju, a 31 października 2014 złożyła mandat senatorski w związku z przyszłym objęciem nowej funkcji. Stanowisko komisarza Komisji Europejskiej piastowała od 1 listopada 2014 do 30 listopada 2019.
W maju 2015 Cezary Gmyz z tygodnika „Do Rzeczy” ujawnił nagranie rozmowy Elżbiety Bieńkowskiej z szefem CBA Pawłem Wojtunikiem, mającej mieć miejsce w czerwcu 2014 w restauracji Sowa i Przyjaciele i być częścią tzw. afery podsłuchowej.
We wrześniu 2023 została przewodniczącą brukselskiego think tanku Centre for European Policy Studies.
Odznaczenia i wyróżnienia Ordery i odznaczenia Komandor z Gwiazdą Orderu Zasługi – Norwegia, 2012 Złoty Medal „Za Zasługi dla Pożarnictwa” – Polska, 2014