Jeżeli w wyniku istniejących powiązań zostały ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby między sobą podmioty niepowiązane, i w wyniku tego podatnik wykazywał dochód niższy (stratę wyższą) od tego, jakiego należałoby oczekiwać, gdyby wymienione powiązania nie istniały, organ podatkowy określał dochód (stratę) podatnika bez uwzględnienia warunków wynikających z tych powiązań. Określając wysokość dochodu (straty) podatnika w sytuacji, organ podatkowy brał pod uwagę faktyczny przebieg i okoliczności zawarcia i realizacji transakcji kontrolowanej oraz zachowanie stron tej transakcji.
W przypadku gdy organ podatkowy uznał, że w porównywalnych okolicznościach podmioty niepowiązane kierujące się racjonalnością ekonomiczną nie zawarłyby danej transakcji kontrolowanej lub zawarłyby inną transakcję, lub dokonałyby innej czynności, zwanych dalej „transakcją właściwą”, organ ten określał dochód (stratę) podatnika bez uwzględnienia transakcji kontrolowanej, a w przypadku gdy było to uzasadnione, określał dochód (stratę) podatnika z transakcji właściwej względem transakcji kontrolowanej.
Organ podatkowy w tym celu wykorzystywał jedną z metod weryfikacji cen transferowych: