Po licznych poprawkach na początku 1944 rozpoczęto produkcję seryjną samolotu w wersji oznaczonej jako C6N1.
Po wprowadzeniu samolotu do działań bojowych, okazało się, że dzięki dużej prędkości był on praktycznie nieosiągalny dla samolotów myśliwskich przeciwnika, dlatego też podjęto decyzję o zbudowaniu samolotu w wersji dwumiejscowego samolotu myśliwskiego, uzbrojonego w działka Typ 99-2 kal. 20 mm. Tak opracowana wersja oznaczona została jako C6N1-S.
Opracowano także wersję samolotu torpedowo-bombowego, oznaczoną jako C6N1-B, która jednak nie weszła do produkcji seryjnej. Opracowano także następną wersję oznaczoną jako C6N2, którą wyposażono w jeszcze mocniejszy silnik Nakajima NK9B Homare 24, ale i ta wersja nie została wprowadzona do produkcji w związku z kapitulacją Japonii.
Łącznie w latach 1944–1945 zbudowano 463 samolotów C6N wszystkich wersji. thumb|Nakajima C6N1-S
Użycie Samolot Nakajima C6N od lata 1944 zaczęto wprowadzać do lotnictwa marynarki wojennej. Użytkowane były do upadku Japonii w 1945 i znajdowały się na wyposażeniu dywizjonów (kōkū-tai) o numerach: 132, 343, 601, 653 i 762.
Samoloty wersji C6N1-S używane do zwalczania amerykańskich samolotów bombowych B-29 Superfortress.