W przypadku konieczności wykorzystania temporalnej komponenty percepcji aktualna liczba pulsów zarejestrowana przez akumulator porównywana jest ze śladami pamięciowymi.
thumb|Model SET.
W świetle najnowszych wyników badań, model SET wydaje się niewystarczający w celu wyjaśniania niektórych danych. Powstają próby statystycznego modelowania mechanizmów percepcji czasu przy pomocy np. sieci neuronowych. Mimo swoich ograniczeń, teoria wewnętrznego zegara pozostaje istotną inspiracją badawczą.
Wyniki badań Mechanizmy biologiczne Dzisiejszy stan wiedzy nie pozwala na dokładne określenie mechanizmów neurobiologicznych odpowiedzialnych za postrzeganie czasowej komponenty rzeczywistości. Możemy wnioskować istotną rolę w tych procesach struktur mózgowych takich jak: jądra podstawne, droga nigro-striatalna (uważana za prawdopodobny ‘znacznik tempa’, prążkowie (uważane za akumulator), hipokamp, móżdżek, wzgórze oraz prawa część kory przedczołowej. Substancje psychoaktywne wpływające na percepcję czasu to, między innymi, dopamina i jej prekursory, kokaina, amfetamina, metamfetamina, MDMA, LSD, PCP i agonisty receptorów GABA.