Loty testowe wokół lotniska na Guam również nie potwierdziły możliwości zaistnienia zakłócenia sygnału Glide Slope lotniskowego systemu ILS.

Na większości lotnisk działa dodatkowo system MSAW, ale z niejasnych do końca przyczyn został on przeprogramowany i alarmował o zbyt niskiej wysokości wobec innych samolotów zbliżających się do pasa (podchodzące do lądowania), ale znajdujące się w odległości około 80 km od lotniska — co czyniło go praktycznie bezużytecznym.

Z ustaleń śledczych wynikało ponadto, że samolot przewoził na pokładzie ponad dwieście litrów alkoholi ze sklepów Duty Free Shop, głównie w butelkach schowanych w schowkach nad głowami pasażerów. Powstała teoria, że w momencie uderzenia samolotu o ziemię, butelki rozbiły się, a parujący w wysokiej temperaturze rozlany alkohol zmieszał się z parami powietrza, wypełnił cały pokład pasażerski i jako mieszanka wybuchowa stał się źródłem dwóch silnych eksplozji, które targnęły samolotem już po rozbiciu się. Mogły one spowodować śmierć osób, które być może przeżyły samo uderzenie maszyny.