W latach 1995–1999 Polonia grała w II lidze.
Era Warbudu, SPEC i Azbudu Przełomem w historii klubu był rok 1998. Zespół koszykarzy Polonii przejęła wówczas największa firma budowlana w Warszawie – Warbud. W 2000 zespół prowadzony przez Amerykanów Tyrone Thomasa i Roberta Shepherda awansował do Polskiej Ligi Koszykówki.
Pierwsze sezony po powrocie do ekstraklasy nie przyniosły sukcesów – w 2000/01 Polonia zajęła 9., a w 2001/02 – 5. miejsce. W 2002/03 klub awansował do półfinałów, jednak uległ w nich Prokomowi Trefl Sopot, a w walce o 3. miejsce Śląskowi Wrocław. Brązowy medal – pierwszy medal od 29 lat – udało się klubowi zdobyć rok później pod wodzą trenera Wojciecha Kamińskiego, w walce o 3. miejsce pokonując Anwil Włocławek.
W trakcie sezonu 2004/05 ze sponsoringu Polonii wycofał się Warbud, co spowodowało duże problemy finansowe klubu. Mimo to – głównie dzięki pozyskaniu wsparcia Stołecznego Przedsiębiorstwa Energii Cieplnej – ponownie udało się jej zdobyć brązowy medal. Jednak długi powstałe po odejściu sponsora wpływały znacząco na pozycję Polonii w następnych latach. W trakcie sezonu 2005/06 z funkcji trenera zrezygnował Wojciech Kamiński – zastąpił go dotychczasowy asystent, a wcześniej wieloletni koszykarz Polonii Paweł Czosnowski, a klub zajął dopiero 11.