Przed sezonem 2014/15 doszło do przesilenia w klubie. Wskutek zawirowań organizacyjnych w MKS Polonia, czołowi zawodnicy wraz z trenerem Andrzejem Kierlewiczem odeszli do nowo powstałego klubu KK Warszawa. Drużyna MKS-u w sezonie 2015/16 składała się głównie z niepełnoletnich zawodników, wygrała zaledwie 4 mecze i ponosząc aż 24 porażki spadła z II ligi. MKS Polonia Warszawa zgłaszał jeszcze drużyny do III ligi w latach 2016–2018 i 2019/20. Zespoły oparte na młodzieżowcach zajmowały miejsca na dole tabeli.
KKS Polonia Warszawa Na przełomie roku 2020 i 2021 zawiązała się inicjatywa mająca na celu odbudowę dawnej potęgi męskiej koszykówki Polonii Warszawa. Z inicjatywy Fundacji Nasza Warszawa (prowadzącej dotychczas klub KK Warszawa), a także Fundacji Horizon+ i Fundacji Kultywowania Tradycji Koszykarzy Polonii Warszawa zgłoszono drużynę Polonii Warszawa do II ligi. Trenerem zespołu został Andrzej Kierlewicz, kapitanem – Marcin Dutkiewicz, wychowanek Polonii, zawodnik drużyny, która w 2005 zdobyła brązowy medal. W II lidze w sezonie 2021/22 Polonia nie przegrała ani jednego meczu i po 36 wygranych z rzędu awansowała do I ligi. Od sezonu 2022/23 drużyną KKS-u Polonia Warszawa zarządza Projekt 1P sp.