Przeniesiono tu również siedzibę Konsystorza Okręgowego, mieszczącą się uprzednio w Piotrkowie Trybunalskim. W 1798 otwarto ewangelicką szkołę, którą kierował trzeci duchowny ks. Karl Bartsch.
Po włączeniu Kalisza w 1807 do Księstwa Warszawskiego, parafia weszła w skład Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego Konsystorza Warszawskiego. Kolejnym proboszczem został w 1821 ks. Ernest August von Modl. W 1829 r. powołano ewangelicką superintendenturę kaliską, która istniała do 1945 r. Pastorzy kaliscy stali na jej czele w l. 1829-1869 i 1915-1945.E. Kneifel, Die evangelisch-augsburgischen Gemeinden der Kalischer Diözese. 1937.
W 1821 ze strony Kościoła katolickiego pojawiła się propozycja zamiany świątyni przez ewangelików na kościół zakonu franciszkanów, związana z planem budowy seminarium duchownego. Parafia luterańska nie wyraziła jednak na nią zgody.
W 1826 zakupiony został budynek położony przy ul. Piekarskiej, gdzie została urządzona plebania oraz siedziba szkoły. Część szkolną rozbudowano w 1844, nauki pobierało w niej 200 uczniów. W tym okresie liczba wiernych parafii, którzy opłacali składkę kościelną, wynosiła 800 osób.