Ocalony z opresji kanclerz Palpatine domaga się większych uprawnień. Niepokoi to rycerzy Jedi. Tymczasem kanclerz umieszcza w Radzie Jedi młodego Skywalkera jako swojego przedstawiciela. Jedi się godzą, ale jeszcze nie dają Skywalkerowi tytułu mistrza. Chcą też, by donosił im o posunięciach kanclerza. Decyzje Rady wzbudzają nieufność u Skywalkera. Młody Jedi dowiaduje się też, że jego sekretna żona, Padmé, jest w ciąży. Anakina nęka koszmar, w którym widzi, jak jego ukochana umiera podczas porodu.
Wkrótce potem mistrz Yoda udaje się z batalionem klonów na Kashyyyk, planetę Wookieech, którą zaatakowały droidy Grievousa. Sam generał zostaje zlokalizowany przez wywiad Republiki na odległej niezależnej planecie Utapau. Rada Jedi wysyła tam Kenobiego z oddziałem klonów. Decyzja ta wzbudza gniew Skywalkera, któremu kanclerz powiedział wcześniej, że na pewno tę niebezpieczną misję Rada powierzy właśnie jemu. Skywalker jest przekonany, że Rada mu nie ufa i odsuwa go od swoich działań.