Na rozkaz Sidiousa, Vader atakuje na czele 501 Legionu Świątynię Jedi na Coruscant i zabija wszystkich znajdujących się tam mistrzów, rycerzy, padawanów oraz młodziutkich uczniów. Kanclerz wydaje klonom Rozkaz 66 – polecenie zabicia wszystkich Jedi. Dowodzący rozrzuconymi po całej galaktyce oddziałami klonów Jedi giną z rąk swoich podkomendnych. Jedynie nieliczni z nich uchodzą cało z masakry.
Kanclerz wykorzystuje okoliczności aresztowania i mówi w senacie, że Jedi próbowali go zamordować. Bez trudu przekonuje senatorów do idei przekształcenia Republiki w Imperium Galaktyczne z nim jako imperatorem.
Kenobi i Yoda z pomocą senatora Baila Organy dostają się na Coruscant. Tam dowiadują się prawdy o Skywalkerze. Postanawiają, że musi zginąć. Kenobi udaje się do Padmé. Ta nie zdradza mu, gdzie jest jej ukochany, ale wkrótce wyrusza na wulkaniczną planetę Mustafar, gdzie Sidious wysłał Vadera, by ten zlikwidował niepotrzebnych mu już przywódców separatystów i tym samym zakończył wojnę. Kenobi niezauważony przez Padmé wsiada na jej statek. Yoda zaś ponosi porażkę w walce z Darthem Sidiousem. Po zażartej walce uznaje się za pokonanego i opuszcza Coruscant z ratującym go senatorem Organą.