14 listopada skierowano do Wojskowego Sądu Garnizonowego w Poznaniu wnioski o zastosowanie w stosunku do nich tymczasowego aresztowania na trzy miesiące. 15 listopada sąd uwzględnił pozytywnie wnioski, argumentując to tym, iż istnieje duże prawdopodobieństwo popełnienia zbrodni wojennej przez podejrzanych, groźbą matactwa oraz wysokim zagrożeniem ustawowym kary. 9 maja 2008 Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie zwolnił z aresztu trzech oskarżonych, starszych szeregowych. Czterech żołnierzy, dwóch oficerów i dwóch podoficerów zostało zwolnionych 10 czerwca 2008RMF M: Sprawa Nanghar Khel: Trzech żołnierzy wychodzi z aresztu, 9 maja 2008.TVN24: Żołnierze z Nangar Khel wychodzą na wolność, 10 czerwca 2008..
6 lipca 2008 roku prokurator ostatecznie zamknął śledztwo i skierował akt oskarżenia do Wojskowego Sądu Okręgowego w Warszawie.