Wyróżniane były dwa podgatunki:
Camelina alyssum subsp. alyssum – dolne liście zazwyczaj mocno wcinane, łodyga nierozgałęziona lub słabo rozgałęziona, łuszczynki długości 6,5-9 mm znajdują się na szypułkach odgiętych od osi kwiatostanu pod kątem 40-90 stopni.
Camelina alyssum subsp. integerrima – dolne liście całobrzegie lub słabo wcinane, łodyga przeważnie rozgałęziona, łuszczynki długości 9-12 mm znajdują się na esowato wygiętych szypułkach odchylonych od osi kwiatostanu o 70-110 stopni.
Istnieją również liczne formy o cechach morfologicznych przejściowych pomiędzy obydwoma taksonami. W Polsce dominował podgatunek Camelina alyssum subsp. alyssum, dwukrotnie przewyższający pod względem liczebności drugi podgatunek.
Pochodzenie thumb|240px|Tradycyjnie pielęgnowane uprawy lnu były podstawowym siedliskiem lnicznika właściwego Archeofit zaliczany do grupy archaeophyta anthropogena – taksonów powstałych pod wpływem działalności człowieka. Gatunek wyodrębnił się na skutek długotrwałej presji selekcyjnej związanej ze specyficzną techniką i rytmiką tradycyjnych upraw lnu, a taksonem wyjściowym był prawdopodobnie lnicznik siewny. Nasiona omawianego gatunku odnotowano w wykopaliskach archeologicznych na terenie Polski.