Wkrótce potem rozgrywki ligowe zostały całkowicie zdezorganizowane przez toczącą się wojnę.
Po zakończonej wojnie wszystkie organizacje sportowe na terenie Niemiec zostały rozwiązane przez władze okupacyjne. Wkrótce jednak klub został odtworzony w 1945 roku pod nazwą SG Chemnitz Nord. Zgodnie z obyczajem, jaki zapanował we wschodnich Niemczech, klub często zmieniał nazwę. W 1948 roku przyjął nazwę BSG Fewa Chemnitz, w 1951 BSG Chemie, a w 1953, w związku ze zmianą nazwy miasta-siedziby BSG Chemie Karl-Marx-Stadt. W 1956 roku, w związku ze skupieniem wszystkich dyscyplin sportowych w jednym klubie, klub zmienił nazwę na SC Motor Karl-Marx-Stadt, a w 1963 na SC Karl-Marx-Stadt. W 1966 roku sekcja piłkarska ponownie wydzielona została w postaci oddzielnego klubu pod nazwą FC Karl-Marx-Stadt. Przyczyną takiego postępowania była chęć większego skupienia się na wydzielonej dyscyplinie, by skuteczniej można było wyławiać talenty dla reprezentacji narodowej. Gdy w 1991 roku miasto wróciło do swej pierwotnej nazwy, klub przyjął obecną nazwę Chemnitzer FC.