Ponieważ warunki atmosferyczne były bardzo dobre (świetna widoczność, 17 stopni Celsjusza, lekki wiatr), a wypadek zdarzył się w okresie podwyższonego zagrożenia terroryzmem, pierwsze doniesienia sugerowały, że przyczyną zdarzenia była akcja któregoś z ugrupowań terrorystycznych, występującego przeciwko polityce władz Egiptu. Do zamachu przyznało się jedno z ugrupowań z Jemenu. Głębsza analiza miejsca katastrofy, jak i fakt, że szczątki były rozrzucone na niewielkim obszarze, wykluczyły zamach terrorystyczny. Samolot uderzył w powierzchnię wody w jednym kawałku.
Po starcie Boeing 737-300 rozpoczął wznoszenie na wysokość przelotową, na wysokości około 6000 stóp, samolot zaczął przechylać się w prawo, po czym pogłębił przechył na skrzydło, przeszedł na plecy i runął do morza. Załoga próbowała wyprowadzić samolot z tego położenia, jednak wobec bardzo ciemnej, bezksiężycowej nocy nie było to możliwe w VFR. Przyczyna katastrofy do dziś nie jest jasna. Z zapisów FDR i CVR wynika, że kapitan nie był do końca świadom tego, co dzieje się z maszyną. Wiadomo jednak, że maszyna wystartowała z usterką elektryczną (usterki do dziś nie zidentyfikowano).