Wystartowała na igrzyskach olimpijskich w Nagano w 1998, gdzie zajęła między innymi 16. miejsce w sztafecie i 45. miejsce w biegu pościgowym 5+10 km. Na rozgrywanych cztery lata później igrzyskach olimpijskich w Salt Lake City zdobyła swój pierwszy medal. Bieg łączony na 10 km ukończyła na trzeciej pozycji, ale na skutek dyskwalifikacji Olgi Daniłowej, która była pierwsza oraz Łarisy Łazutiny, która dobiegła na drugim miejscu, Scott zdobyła złoty medal. Nie otrzymała medal od razu, dostała go dopiero w czerwcu 2004 r., dwa lata po igrzyskach. W ten sposób została pierwszą Kanadyjką oraz pierwszą kobietą pochodzącą z Ameryki Północnej, która zdobyła złoty medal olimpijski w biegach narciarskich. Trzy dni wcześniej była czwarta w biegu na 10 km techniką klasyczną, przegrywając walkę o podium z Włoszką Stefanią Belmondo. Była także piąta w sprincie stylem dowolnym i ósma w sztafecie. Brała także udział w igrzyskach olimpijskich w Turynie w 2006, gdzie wspólnie z Sarą Renner wywalczyła srebrny medal w sprincie drużynowym techniką klasyczną. W sprincie indywidualnym stylem dowolnym była czwarta, w walce o brązowy medal lepsza o 1,5 sekundy była Rosjaka Alona Sid´ko. W pozostałych startach była szósta w biegu łączonym, dziesiąta w sztafecie, a w biegu na 10 km techniką klasyczną została zdyskwalifikowana.