W 2006, po śmierci metropolity Mikołaja, objął urząd metropolity ziem czeskich i słowackich, zostając tym samym piątym zwierzchnikiem Cerkwi Prawosławnej Ziem Czeskich i Słowacji od czasu przyznania jej autokefalii w 1951 roku.
W kwietniu 2013 metropolita Krzysztof został suspendowany przez Synod Kościoła Prawosławnego Czech i Słowacji z powodu wysuwanych pod jego adresem oskarżeń o złamanie ślubu czystości poprzez utrzymywanie związków z kilkoma kobietami; ze związków tych przyjść miało na świat dziesięcioro dzieci. Zapowiedziano wówczas, że jeśli duchowny do połowy maja nie dostarczy dowodów swojej niewinności, zostanie postawiony przed sądem duchownym. Hierarcha twierdził, że oskarżenia są bezpodstawneVIA: Poglavar na proveri. 12 kwietnia 2013 metropolita Krzysztof dobrowolnie zrezygnował z urzęduNejvyšší zástupce Pravoslavné církve rezignoval na svou funkci. Jako przyczynę podał chęć zachowania jedności CerkwiМитрополит Чешский Христофор отрекся от престола. Duchowny miał zamieszkać w monasterze Przemienienia Pańskiego w Tešovie, zachowując tytuł arcybiskupa w stanie spoczynkuMetropolitan Christopher decides to retire.