Dnia 5 września wojsko niemieckie zajęło dom Zgromadzenia Misji. W tzw. Krwawą Niedzielę, 9 września, na Starym Rynku zostali rozstrzelani pracujący w parafii: ks. Piotr Szarek i ks. Stanisław Wiorek. W lesie gdańskim zostali rozstrzelani: proboszcz i superior Domu ks. Jan Wagner CM i ks. Hieronim Gintrowski CM. Do obozu koncentracyjnego zostali wywiezieni: ks. Kazimierz Całka CM i ks. Edward Brandys CM. 16 września zamknięto kościół i przeznaczono go na magazyn dla niemieckich wojsk i policji. W 1945 roku wycofujące się wojska niemieckie podpaliły kościół.
Po wojnie prace budowlane przy odbudowie i wyposażaniu kościoła trwały do 1980 roku, kiedy dokonano konsekracji kościoła. W 1997 roku, w Gnieźnie, podczas mszy świętej papież Jan Paweł II ogłosił kościół Św. Wincentego a Paulo w Bydgoszczy bazyliką mniejszą.
Działalność duszpasterska i charytatywna W parafii działa wiele grup duszpasterskich, m.in. duszpasterstwo akademickie "Stryszek", chór Vincentinum, Młodzież Misjonarska, Młodzi+, Stowarzyszenie Cudownego Medalika, Wincentyńska Poradnia Rodzinna, wspólnota Barka, grupa modlitwy św. Ojca Pio, wspólnota Magnificat.
Przy parafii działa Stowarzyszenie Miłosierdzia św.