Po wycofaniu się Mongołów, na fali ogólnowęgierskiej akcji budowy nowych, kamiennych już zamków, rozbudowywano w jakiś sposób także i umocnienia Klasztorzyska. Na spustoszony w znacznym stopniu obszar Spisza trafiła druga fala kolonistów niemieckich. Istniejące od 1209 Bractwo 24 parafii niemieckich przekształciło się w Związek 24 Miast Spiskich, z wybieranym w wolnych wyborach grafem. To do niego zwrócił się w 1299 r. pleban z Żakowiec imieniem Marcin z pomysłem upamiętnienia „Skały Schronienia” przez wzniesienie tam klasztoru. Pomysł uzyskał akceptację. W dokumencie dziekana kapituły spiskiej, Jakuba, z 1299 r., wystawionym w katedrze św. Marcina, określono, że w celu utworzenia klasztoru pod wezwaniem Bogurodzicy, św. Jana Chrzciciela i św. Małgorzaty darowuje się zakonowi kartuzów teren ograniczony rzekami Hornad i Biała oraz murami od zachodu. W następnym roku kartuzi rozpoczęli budowę klasztoru. Pracami kierował brat rektor Andrzej z pomocnikiem, obaj pochodzący z macierzystego klasztoru kartuzów w Žiče w Słowenii. Pierwsi mnisi osiedli w klasztorze w 1307 r. Kierował nimi pierwszy przeor Klasztorzyska – ojciec Konrad.