Wszedł w skład redakcji kwartalnika Zdanie.

Jest autorem i redaktorem kilku książek. Publikował m.in. w „Kulturze i Społeczeństwie”, pismach „Regiony”, „Śląsk” głównie na temat mniejszości narodowych, filozofii wojny, zagrożenia neofaszyzmem i biogenezy. Silny oddźwięk wywołał jego tekst „Neofaszyzm za rogiem” (w „Res Humana”), w którym krytykował polskie elity za przymykanie oka na ekstremistyczne ruchy neofaszystowskie i rasistowskie.

Laureat Nagrody im. Stanisława Ossowskiego (2007) Polskiego Towarzystwa Socjologicznego za książkę Domeny symboliczne. Konflikty narodowe i etniczne w wymiarze symbolicznym.

Działalność polityczna i społeczna Nijakowski zajmuje się problematyką mniejszości narodowych także w wymiarze praktycznym. Od 2001 jest stałym doradcą sejmowej Komisji Mniejszości Narodowych i Etnicznych; pracował nad Ustawą o mniejszościach narodowych i etnicznych oraz o języku regionalnym, uchwaloną w 2005, która umożliwiła dwujęzyczne nazewnictwo np. miast i ulic. Działa w SLD, głównie w dyskusjach programowych;