Kontrowersje W 2005 roku do Dignitas zgłosiła się 69-letnia Niemka, która okazała kartę zdrowia z rozpoznaniem marskości wątroby. Dokonano eutanazji. Po przeprowadzeniu sekcji zwłok okazało się, że kobieta była fizycznie zupełnie zdrowa. Cierpiała jedynie na depresję. Jej karta zdrowia, w której zapisano diagnozę o marskości wątroby, została sfałszowana. Lekarz, który pomagał w eutanazji, gdy dowiedział się o zdarzeniu, popełnił samobójstwo Interia.pl [dostęp 8 marca 2009].
W 2007 roku działanie organizacji wywołało falę oburzenia, gdy zaczęła przeprowadzać wspomagane samobójstwa w hotelach i na parkingach. Pacjenci, głównie Niemcy, wypijali śmiertelne dawki pentobarbitalu w samochodach.
W listopadzie 2007 roku główna siedziba została przeniesiona do byłej fabryki kabli w strefie przemysłowej gminy Schwerzenbach, tuż obok największego domu publicznego w Szwajcarii, co wzbudziło mocny sprzeciw zarówno gminy, jak i miejscowej ludności.
W 2008 roku okazało się, że organizacja pozbywa się ciał klientów, wrzucając ich prochy wraz z urnami do jeziora, choć większość z nich słono zapłaciła za godną śmierć i pogrzeb.