Faza przewlekła U 80% osób zakażonych, choroba przechodzi w fazę przewlekłą. Podczas pierwszych kilkudziesięciu lat choroby objawy u większości są niespecyficzne lub całkiem ich brak. WZW C jest główną przyczyną występowania marskości oraz nowotwóru złośliwego wątroby. W przypadku 10–30% osób zakażonych przez okres 30 lat dochodzi do rozwoju marskości wątroby, która częściej występuje u osób dodatkowo zakażonych wirusem WZW B lub HIV, oraz u alkoholików i osób płci męskiej. Osoby, u których dochodzi do marskości wątroby, są 20 razy bardziej narażone na ryzyko zachorowania na raka wątroby (wskaźnik zachorowań na poziomie 1–3% rocznie). Ponadto, w przypadku alkoholików ryzyko jest 100 razy większe. WZW C jest przyczyną 27% przypadków marskości wątroby i 25% raka wątroby.
Marskość wątroby w przebiegu WZW C prowadzi często do nadciśnienia wrotnego, wodobrzusza, zaburzeń układu krzepnięcia, żylaków przełyku oraz encefalopatii wątrobowej w przebiegu żółtaczki.
Objawy pozawątrobowe W rzadkich przypadkach WZW C powoduje zespół Sjögrena, obniżenie poziomu płytek krwi, przewlekłą chorobę skóry, cukrzycę oraz chłoniaki nieziarnicze.