Mimo to, już następnego dnia część jego ministrów zrezygnowało z posad ze względu na nierówny podział ministerialnych stanowisk"Four ministers resign from new government", IOL, 4 grudnia 2007.. W tej sytuacji 17 grudnia 2007 premier zapowiedział stworzenie nowego, mniejszego i efektywniejszego gabinetu, Garowe Online, 17 grudnia 2007.. 4 stycznia 2008 Nur Hassan Hussein mianował drugi gabinet, składający się z 15 ministrów i 4 wiceministrów"Somali PM names new cabinet", Al Jazeera English, 4 stycznia 2008.. 10 stycznia 2008 Parlament Federalny udzielił gabinetowi wotum zaufania, Garone Onlin, 10 stycznia 2008..
Rząd Husseina kontynuował działania, zmierzające do zakończenia wojny domowej w Somalii, toczonej przez siły rządowe i powstańców islamskich. 9 czerwca 2008 Hussein, podczas międzynarodowej konferencji w Dżibuti, podpisał porozumienie z Sojuszem na rzecz Wyzwolenia Somalii (ARS, Alliance for the Re-liberation of Somalia), islamską organizacją zbrojną i polityczną.