Ma źródło na wysokości 368 m w porośniętej lasem górnej części doliny Eliaszówki. Spływa dnem tej doliny początkowo w kierunku południowo-wschodnim, następnie południowym, W Krzeszowicach opuszcza Wyżynę Olkuską i wpływa do Rowu Krzeszowickiego. Płynie przez krzeszowickie osiedle Czatkowice Dolne (w tej okolicy znajduje się ujęcie i zrzut oczyszczonych ścieków – 63 m³ na dobę – z K.W. Czatkowice), gdzie wpływa Miękinia (prawobrzeżny dopływ od strony północno-zachodniej), a następnie w Krzeszowicach przepływa pod drogą krajową nr 79 i linią kolejową Kraków – Katowice. Tuż za tartakiem przyjmuje z prawobrzeżny dopływ - rzekę Dulówkę. Potem Krzeszówka płynie na zachód, tworząc granice między Krzeszowicami a Tenczynkiem. Płynie poniżej wzgórza Ułańskie Zdrowie (przy Starej Sztolni), w tym miejscu do rzeki odprowadzane są oczyszczone ścieki z pobliskiej oczyszczalni mechaniczno-biologicznej i za ul. Czycza w Krzeszowicach-Gwoźdźcu, płynie na północny wschód jako granice Krzeszowic i Nawojowej Góry, przepływa ponownie pod drogą krajową nr 79 i płynie na południowy wschód, (przy osiedlu Żbik wpływają nieoczyszczone ścieki z kombinatu ogrodniczego PHRO Sp. z o.o.. Płynąc na wschód, na południe od wsi Pisary. Tam też Krzeszówka jest kontrolowana na długości 3,4 km w punkcie pomiarowo-kontrolnym.