Zabitych grzebano w pośpiechu i bez należytej uwagi. Żołnierze byli chowani w indywidualnych grobach, jak i w zbiorowych mogiłach, w których chowano wspólnie nawet kilkaset ciał. Niekiedy rodzina lub przyjaciele wracali po pochowane ciała, aby zabrać je w rodzinne strony. Niedokładnie pochowane ciała nierzadko bywały odsłonięte i wystawione na działanie słońca i powietrza. W marcu 1864 roku stało się jasne, że sytuacja wymaga zdecydowanego działania.
W 1864 roku stanowy senator, Lewis P. Firey, zaproponował w stanowej legislaturze plan ustanowienia cmentarza stanowego lub narodowego dla ofiar poległych podczas kampanii w 1862 roku. Plan został wcielony w życie 23 marca 1865 roku, gdy stan zakupił 4,55 hektara ziemi za 1 161 dolarów i 75 centów.
Początkowe plany zakładały pochowanie na cmentarzu ciał poległych żołnierzy walczących po obu stronach. Jednak uraza i pamięć niedawno zakończonego konfliktu, jak i niezdolność stanów Południa, aby zorganizować niezbędne fundusze spowodowały, że na cmentarzu pochowano wyłącznie poległych żołnierzy Unii Stanów Zjednoczonych. Ciała poległych konfederatów pochowane zostały na lokalnych cmentarzach w Hagerstown, Frederick w stanie Maryland oraz na cmentarzu w Shepherdstown w Wirginii Zachodniej.