W 1948 poślubił Teresę z Majlertów (ur. 1926), wówczas studentkę Politechniki Gdańskiej, która później na tej uczelni była profesorem i pierwszą kobietą-dziekanem Wydziału Chemii. Mieli dwie córki, Joannę zamężną Szczucką (ur. 1951), fizyka, i Danutę zamężną Tomaczak (ur. 1953), informatyka.
thumb|240px|Grób profesora Janusza Sokołowskiego na cmentarzu Srebrzysko w Gdańsku Zmarł w Gdańsku, pochowany w Alei Profesorskiej na cmentarzu Srebrzysko (rejon IX, kwatera KW I-1).
Dokonania naukowe Janusz Sokołowski specjalizował się w dziedzinie chemii organicznej. Był twórcą gdańskiej szkoły badań azotowych pochodnych cukrów. Ogłosił przeszło 200 prac, m.in. Budowa azotowych glikozydów („Zeszyty Naukowe WSP”, Chemia 5, 1965), Zarys teorii chemii organicznej (z Gotfrydem Kupryszewskim, trzy tomy, 1961–1965), Teoretyczne podstawy chemii organicznej (1972), Analiza związków organicznych (z G. Kupryszewskim i Ritą Walczyną, 1996). Publikował także artykuły w pismach o zasięgu międzynarodowym, m.in. „” i „”. Pod kierunkiem Sokołowskiego doktoraty uzyskało 9 osób.