W Zarządzie Cywilnym Ziem Wschodnich miejscowość leżała w okręgu wileńskim; w Polsce w Ziemi Wileńskiej (1922 - 1926), następnie w województwie wileńskim (1926 - 1945). W ZCZW, na Litwie Środkowej i w początkach przynależności do Polski miejscowość należała do powiatu wileńskiego, następnie do powiatu wileńsko-trockiego..
W czasie kampanii wrześniowej 19 września 1939 roku Armia Czerwona wkroczyła do miasteczka. 29 października według umowy litewsko-radzieckiej o przekazaniu Wilna oraz o wzajemnej współpracy wojsko litewskie wkroczyło do Mejszagoły. Po aneksji Litwy do ZSRR w Mejszagole Sowieci wysadzili pomnik z Orłem Białym upamiętniający bohaterów wojny z bolszewikami w 1920 roku (obecnie ten pomnik nie istnieje). W czasie hitlerowskiej okupacji w lipcu-sierpniu 1941 roku hitlerowcy zamordowali 300 mejszagolskich Żydów. W czasie trzydniowych walk pod Mejszagołą, miasteczko zostało wyzwolone 11 lipca 1944 przez 2 Zgrupowanie AK „Węgielnego” pod dowództwem „Mieczysława Potockiego Węgielnego” we współdziałaniu z sowiecką 227 Dywizją gen. Gładyszewa. Po wkroczeniu Sowietów zaczęło się polowanie na AK-owców. Około 40 rodzin deportowano w głąb ZSRR jako „wrogów ludu”. Strach przed rządami bolszewików skłonił ponad 300 polskich rodzin z Mejszagoły do wyjazdu do Polski w jej nowych granicach.