Latem 1960 Francisco przeszedł do stołecznej Romy. Do zespołu ściągnął go ówczesny trener zespołu, Alfredo Foni. Grając w ataku z rodakiem Pedrem Manfredinim doprowadził „giallo-rossich” do finału Pucharu Miast Taargowych, a następnie do zwycięstwa w tych rozgrywkach (2:2 i 2:0 z Birmingham City). W lidze zdobył 13 goli, o 7 mniej niż Manfredini, najlepszy strzelec rzymskiej drużyny. W Romie Lojacono grał jeszcze przez dwa sezony, ale nie osiągnął większych sukcesów poza półfinałem PMT w sezonie 1962/1963.
Latem 1963 Lojacono wrócił na sezon do Fiorentiny, jednak był w niej rezerwowym. Po roku trafił do Sampdorii, dla której przez cały sezon zdobył ledwie jednego gola, ale pomógł zespołowi w utrzymaniu w lidze. W latach 1965–1969 Francisco występował w US Alessandria. Przez pierwsze dwa lata grał w Serie B, jednak w sezonie 1967/1968 zespół spadł do Serie C. Ostatnim przystankiem w karierze był pobyt w AC Legnano. Karierę zakończył w 1970 roku. Zmarł w 2002 roku.