beskidzkiej populacji wilka; na polanach Kotarza znajdują się jedne z najliczniejszych w Polsce stanowisk naparstnicy purpurowej, a w okolicy wiele pomników przyrody ożywionej i nieożywionej, w tym druga co do wielkości jodła w Polsce; zbocza góry porastają rzadkie zespoły roślinne: kwaśnej buczyny górskiej oraz żyznej buczyny karpackiej.
Góra Kotarz jest częścią Parku Krajobrazowego Beskidu Śląskiego, lasy porastające górę mają znaczenie wodo- i gleboochronne.
Zagrożenia przyrody Gminy Brenna i Szczyrk planowały rozbudowanie infrastruktury narciarskiej, mającej na celu stworzenie dużego ośrodka narciarskiego łączącego obie gminy. W rejonie góry Kotarz zaplanowano wybudowanie wyciągów krzesełkowych, nartostrady o długości 1,5 km, drogi oraz schroniska. Wyciąg krzesełkowy prowadziłby na szczyt góry a kolejny łączyłyby go z istniejącymi trasami narciarskimi w rejonie Soliska w Szczyrku. Inwestycja wiąże się z potrzebą wylesienia znacznych terenów pod budowę wyciągów i nartostrady.