Latem 1986 Bonetti przeszedł do Milanu. Grał tam przez rok, głównie w pierwszym składzie, ale nie odniósł sukcesów. W 1987 roku został piłkarzem Hellas Werona. Dwukrotnie zajął z nim miejsca w środku tabeli i w 1989 roku ponownie zmienił barwy klubowe. Jego nowym zespołem został Juventus F.C. W 1990 roku zdobył swój kolejny Puchar Włoch, a także pierwszy i jedyny europejski puchar – Puchar UEFA (wystąpił w jednym z finałowych meczów z Fiorentiną). W sezonie 1991/1992 po raz drugi w karierze był zawodnikiem Sampdorii, z którą wywalczył Superpuchar Włoch. Karierę kończył w 1993 roku w SPAL Ferrara, z którym spadł do Serie C.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1978/79 Brescia Calcio
Serie B 21 2 1979/80 Brescia Calcio
Serie B 8 0 1980/81 AS Roma
Serie A 20 0 1981/82 AS Roma
Serie A 26 0 1982/83 UC Sampdoria
Serie A 27 0 1983/84 AS Roma
Serie A 13 1 1984/85 AS Roma
Serie A 23 0 1985/86 AS Roma
Serie A 22 2 1986/87 A.C.