Po upadku Konstantynopola znaczenie jego patriarchów, paradoksalnie, jeszcze wzrosło, ponieważ w systemie millet, zgodnie z którym Turcy osmańscy urządzili swoje państwo, patriarcha konstantynopolitański został uznany za głowę całego rum millet („narodu rzymskiego” – wiernych Kościoła Prawosławnego), z czym wiązała się pewna władza świecka, a przede wszystkim fiskalna i finansowa. Uzależnienie patriarchów Antiochii, Aleksandrii i Jerozolimy od patriarchy Konstantynopola doszło do tego stopnia, że niektórzy z nich rezydowali w Konstantynopolu, a nie w swoich stolicach.
Wszystko to działo się w warunkach nieustannego konfliktu z Rzymem, który tlił się od początku istnienia patriarchatu, niekiedy otwarcie, innym razem tylko w formie nieprzychylnej postawy wobec „łacinników”. Przejawami tego konfliktu były zwłaszcza schizmy: akacjańska (484–519), focjańska (867–893) i ostatnia, nie zakończona jak dotąd, wielka schizma wschodnia (1054). Patriarchowie Konstantynopola konsekwentnie odmawiają papieżom w Kościele prymatu innego, niż honorowy, uważając siebie, patriarchów ekumenicznych, za równych „papieżom rzymskim”.