W latach 80. Foggia występowała w niższych ligach aż do końca dekady. W 1989 roku pod wodzą Czecha Zdenka Zemana powróciła w szeregi Serie B. W zespole brylował wówczas napastnik Giuseppe Signori, między innymi dzięki któremu w 1991 roku zespół wygrał rozgrywki drugoligowe. W sezonie 1991/1992 Foggia spisała się całkiem udanie robiąc wrażenie na obserwatorach i kibicach Serie A i zajęła 8. miejsce w lidze. W ostatniej kolejce uległa jednak A.C. Milan 2:8 na własnym stadionie. Po sezonie Signori odszedł do S.S. Lazio, a Zeman przebudował zespół. Po dwóch sezonach opuścił Foggię i powędrował za Signorim do Rzymu.
Odejście Zemana zmieniło oblicze zespołu. Co prawda przez pierwszą część sezonu 1994/1995 zespół spisywał się dość udanie, jednak w drugiej części nastąpiła obniżka formy i Foggia spadła do Serie B. Po 4 latach nastąpiła degradacja do Serie C1 (w 1998 roku), a w 1999 roku do Serie C2. W 2003 roku klub powrócił do Serie C1, gdzie początkowo zajmował miejsca w środku tabeli, ale od kilku lat zajmuje czołowe pozycje.