Grupę obejmującą hipopotamy i walenie określano mianem Cetacea + Ancodonta (jak określano takson zawierający hipopotamowate). Późniejsze badania potwierdziły bliskie pokrewieństwo między waleniami i hipopotamowatymi oraz parafiletyzm parzystokopytnych i świniokształtnych w tradycyjnym rozumieniu. Do podobnych wniosków skłaniają odkrycia paleontologiczne dawnych waleni, wykazujących cechy parzystokopytnych, stojące w sprzeczności do wcześniejszej, konkurencyjnej hipotezy upatrującej przodków waleni wśród Mesonychia. Kość skokowa tychże waleni przypomina swój homolog u parzystokopytnych, a nie mezonychów.
Wraz z kolejnymi badaniami systematyka ssaków ulegała zmianom, coraz bardziej uwzględniając filogenezę tej grupy. Biorąc pod uwagę nowo przedstawioną wiedzę, Waddell i współpracownicy zdecydowali się nadać nazwy nowym kladom, czego dokonali w swej publikacji z 1999. Oparli się oni o relacje, które przedstawić można następującym kladogramem: