Pomimo to, w 1099 roku krzyżowcy wkroczyli do Palestyny.
Pod panowaniem krzyżowców thumb|Państwa krzyżowców na Bliskim Wschodzie w 1135 roku W 1099 roku krzyżowcy (I wyprawa krzyżowa) zdobyli Palestynę i miasto Jerozolimę. Miasto zostało całkowicie splądrowane, a ludność muzułmańska i żydowska wymordowana (Żydów spalono żywcem w synagodze – 15 lipca 1099 r.). Zwycięzcy ustanowili chrześcijańskie Królestwo Jerozolimskie, które obejmowało dawną Fenicję, Syrię i Palestynę. Było to klasyczne państwo feudalne z systemem lennym.
W 1187 roku sułtan Saladyn zdobył Jerozolimę i opanował większą część Palestyny.
V wyprawa krzyżowa odzyskała Jerozolimę w 1229 roku, aby ją ostatecznie utracić w 1244 roku. W 1291 roku padła ostatnia twierdza krzyżowców w Palestynie, Akka. W ten sposób Królestwo Jerozolimskie przestało istnieć.
Palestyna pod panowaniem Arabów Drugi okres panowania Arabów nad Palestyną przypadł na lata 1187-1517.
Palestyna w Sułtanacie Egiptu thumb|left|Sułtanat Egiptu w 1189 roku W 1187 roku krzyżowcy ponieśli klęskę w bitwie pod Hittin i utracili Tyberiadę, Akkę i Jafę. W 1187 roku sułtan Saladyn wkroczył do Jerozolimy.