W 1981 Fischer został graczem innej ekipy Bundesligi, 1. FC Köln. W jej barwach zadebiutował 8 sierpnia 1981 w wygranym 1:0 ligowym spotkaniu z Borussią Dortmund. W 1982 wywalczył z klubem wicemistrzostwo RFN, a w 1983 zdobył z nim Puchar RFN. W 1984 przeszedł do VfL Bochum (Bundesliga). W 1988 dotarł z nim do finału Pucharu RFN, jednak zespół Bochum uległ tam Eintrachtowi Frankfurt. W tym samym roku Fischer zakończył karierę.
Statystyki klubowe KlubSezonLigaLigaPuchar krajuEuropaSumaMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiMeczeBramkiTSV 1860 Monachium1968/1969Bundesliga26910202991969/1970Bundesliga341900223621Ogólnie60 28 1 0 4 2 65 30FC Schalke 041970/1971Bundesliga341571–41161971/1972Bundesliga292287–37291972/1973Bundesliga000011111973/1974Bundesliga252111–26221974/1975Bundesliga331733–36201975/1976Bundesliga342933–37321976/1977Bundesliga3124345639341977/1978Bundesliga3220673041271978/1979Bundesliga342134–37251979/1980Bundesliga26744–30111980/1981Bundesliga17600–176Ogólnie295 182 38 34 9 7 342 2231.