Po tym spotkaniu Służba Bezpieczeństwa zarejestrowała go jako kontakt operacyjny, ale Baczyński odmówił jakiejkolwiek współpracy z SB.

Po powrocie w 1982 do kraju został dziennikarzem „Polityki”, początkowo jako redaktor działu publicystyki gospodarczej. Od 1987 do 1989 kierował tym piśmie działem krajowym i ekonomicznym. W 1990 objął stanowisko zastępcy redaktora naczelnego i wiceprezesa wydawnictwa. Cztery lata później został redaktorem naczelnym i prezesem spółdzielni. W 1996 został przewodniczącym rady nadzorczej spółki Inforadio — właściciela rozgłośni radiowej Tok FM. Jednocześnie w latach 90. współredagował telewizyjne Listy o gospodarce i uczestniczył w innych programach publicystycznych na antenie TVP (tj. Gorąca Linia, Tylko w Jedynce i Coś za coś).

Został członkiem tzw. Komisji Trójstronnej. Jest autorem i współautorem kilku pozycji książkowych, m.in. 800 dni. Szok kontrolowany (z Leszkiem Balcerowiczem; Warszawa 1992) i Teczki liberałów (z Janiną Paradowską;