W latach 1828–1919 siedzibą Konwentu Polonia był Dorpat, gdzie prowadził on działalność społeczno-kulturalną i samopomocową. Członkowie Konwentu brali udział we wszystkich powstaniach narodowych. Działalność Polonii była utrudniona z powodu utrudnień i represji ze strony władz carskich. Po I wojnie światowej, kiedy powstało niepodległe państwo polskie, podjęto decyzję o przeniesieniu siedziby korporacji do Wilna. Konwent był jedną z korporacji założycielskich Związku Polskich Korporacji Akademickich, z którego wystąpił w 1933 roku. Konwent Polonia zawarł kartele z Arkonią (1909), Welecją (1923) i Jagiellonią (14 października 1928), a także 10-letni z estońską Fraternitas Estica (1933). W 1939 roku wszyscy członkowie korporacji otrzymali prawa filisterskie i otrzymali nakaz włączenia się w pracę konspiracyjną. Wielu poległo na wojnie, z bronią w ręku, w Katyniu, w komunistycznych i hitlerowskich więzieniach. W okresie PRL korporacja nie mogła prowadzić normalnej działalności na uczelniach. Odbywały się tajne spotkania filistrów. Część filistrów przeniosła się do Londynu. Pamiątki korporacyjne zdeponowano w Instytucie i Muzeum im. Władysława Sikorskiego w Londynie oraz w Archiwum Archidiecezji Warszawskiej. Organizacja reaktywowała pełną działalność 3 maja 1998 w Gdańsku.