Ponieważ pałac Brühla został w 1944 wysadzony w powietrze przez Niemców, w 1945 siedzibę ministerstwa ulokowano w al. J. Ch. Szucha 23. W okresie międzywojennym w tym gmachu mieściła się Najwyższa Izby Kontroli, a w okresie II wojny światowej – warszawska siedziba niemieckiej Policji Porządkowej (Ordnungspolizei – Orpo). Około 1950 do gmachu dobudowano od strony Litewskiej skrzydło boczne (ul. Litewska 2/4).
Od 2005 do Ministerstwa należy także położony obok siedziby głównej biurowiec Articom Center (al. J.Ch. Szucha 21). W latach 1953–2016 MSZ wykorzystywało do celów reprezentacyjnych pałac Przezdzieckich przy ul. Foksal 6, który w 2014 roku został zreprywatyzowany, a następnie w 2016 sprzedany. Od 2015 wynajmuje powierzchnię biurową w biurowcu Foksal City przy ul. Krywulta 2.
Ministerstwo w 2016 roku poddało rozbiórce (otrzymany drogą wymiany z Uniwersytetem Warszawskim za nieruchomość przy ul. Tynieckiej) budynek dawnego kina Klub, znajdującego się na tyłach kompleksu MSZ, pod adresem Armii Ludowej 3/5 i podjęło decyzję o wzniesieniu w jego miejscu nowego biurowca. Nowy budynek miał być gotowy do końca 2021, jednak budowa wciąż się nie rozpoczęła. W 2023 roku został zaprezentowany nowy projekt planowanego biurowca.
Magazyny centralne MSZ znajdują się przy ul.