Drewniane pawilony poprzedniego dworca przeznaczono na tymczasowy Dworzec Centralny dla pociągów dalekobieżnych wykorzystujących linię średnicową.
W trakcie budowy dworca w 1963 roku powstał fragment tunelu pieszego w kierunku wschodnim, który miał w przyszłości prowadzić z peronu 2. do stacji metra (pomimo tego, że budowę metra wstrzymano w 1957 roku)Historia budowy metra https://metro.waw.pl/o-firmie/historia-budowy-metra/. Część podziemna dworca została otwarta 29 września 1963 roku.
Dworzec składa się z części podziemnej (perony i osobne zespoły kas) oraz dwóch naziemnych pawilonów wejściowych z granitu. Pierwotnie trzyperonowy układ dworca zakładał ich specjalizację: skrajne obsługiwały podróżnych odjeżdżających w kierunku wschodnim lub zachodnim, środkowy – przyjeżdżających z obu kierunków (obsługa pociągu najpierw otwierała drzwi na peron środkowy dla wysiadających, potem na skrajny dla wsiadających, co pozwalało na uniknięcie kolizji podróżnych na peronach i w drzwiach wagonów).