Ta ostatnia funkcja sprawiła, że o jej cieple przekonali się także świeccy spoza murów zakonnych. Wielokrotnie wystawiana na próbę, wyszydzana z powodu swojego pochodzenia, okazała się pełną wiary chrześcijanką. Do końca życia pracowała i modliła się w domu zakonnym w Schio. Zmarła na skutek choroby w 1947 roku. Pochowana została trzy dni po swojej śmierci, 11 lutego 1947 roku.
Życiorys Józefiny Bakhity Benedykt XVI przedstawił w encyklice Spe salvi jako przykład nierozerwalnej i determinującej relacji wiary i nadziei w życiu chrześcijan.
W 2009 powstał film biograficzny o życiu Józefiny Bakhity w reżyserii Giacomo Campiottiego.
Beatyfikacja i kanonizacja 10 grudnia 1978 (niespełna dwa miesiące po swym wyborze) papież Jan Paweł II wydał dekret o heroiczności cnót Służebnicy Bożej, Józefiny Bakhity. Uroczystość beatyfikacyjna miała miejsce 17 maja 1992 roku w Rzymie (jej beatyfikacja była połączona z beatyfikacją Josemarii Escrivy). Proces kanonizacyjny zakończyła kanonizacja, której dokonał Jan Paweł II 1 października 2000 roku, również w Rzymie.