Razem z Matsem Larssonem, Johanem Olssonem i Mathiasem Fredrikssonem wywalczył tam brązowy medal w sztafecie. W startach indywidualnych był piąty w biegu łączonym był piąty, szósty na dystansie 50 km stylem dowolnym i dziesiąty w biegu na 15 km klasykiem. W zawodach pucharowych trzykrotnie stawał na podium: 21 stycznia 2006 roku w Oberstdorfie był drugi w biegu łączonym, 11 marca 2006 roku w Oslo odniósł swoje pierwsze zwycięstwo, wygrywając bieg na 50 km stylem dowolnym, a 19 marca 2006 roku w Sapporo był trzeci w biegu łączonym. W klasyfikacji generalnej dało mu to ósmą pozycję, a w klasyfikacji dystansowej zajął trzecie miejsce, przegrywając tylko z Angererem i Vittozem. Sezon 2006/2007 zaczął od 40. miejsca w biegu na 15 km 18 listopada 2006 roku w Gällivare, jednak już tydzień później był trzeci na tym samym dystansie stylem klasycznym. Było to jego jedyne podium w tym sezonie, jednak jeszcze czterokrotnie plasował się w czołowej dziesiątce i ostatecznie w klasyfikacji generalnej był piętnasty. Wziął też udział w pierwszej edycji Tour de Ski, zajmując szesnaste miejsce w klasyfikacji końcowej. Na mistrzostwach świata w Sapporo w 2007 roku reprezentacja Szwecji w składzie: Mathias Fredriksson, Martin Larsson, Anders Södergren i Marcus Hellner zdobyła kolejny brązowy medal w sztafecie.