W IV w. n.e. miasto straszliwie ucierpiało od najazdów perskich, a zwłaszcza za panowania króla perskiego Szapura II (310–379), który dokonał niszczącego najazdu na Armenię: po śmierci jej władcy Arszaka II, w roku 367, Szapur celowo wydał Armenię na łup swojej armii, wskutek czego zniszczeniu i rozgrabieniu uległo wiele miast w tym kraju, m.in. właśnie Wagarszapat. Gruntownej przebudowie poddał miasto król Waharszak z dynastii Arsacydów, który panował w latach 378–386 n.e. Powstałe w ten sposób Waharszapat było drugą rezydencją królewską po stolicy Armenii – Artaszat. Po interwencji rzymskiej władzę w Armenii objął Pap (368–374), za którego panowania Katolikosi Wszystkich Ormian, czyli przywódcy Apostolskiego Kościoła Ormiańskiego, wybierani byli w Wagarszapacie, które w ten sposób awansowało do rangi stolicy tegoż Kościoła.