W X wieku, po niszczących najazdach Turków, Mongołów i Tatarów, okolice miasta zostały opuszczone przez ludność, która emigrowała do Cylicji i utworzyła kolejne ormiańskie państwo - Królestwo Małej Armenii. Wraz z wiernymi wyemigrowała także hierarchia duchowna, opuszczając Eczmiadzyn. Dopiero po upadku Małej Armenii, w 1441, Eczmiadzyn znów stał się siedzibą patriarchów. Nastąpił okres rozkwitu, trwający do XVII wieku. Wtedy wschodnia Armenia stała się polem wyniszczających granicznych wojen persko-tureckich, trwających do początku XIX wieku, które zrujnowały miasto i okolice. Kolejne lata na początku XIX wieku to dalszy wzrost konfliktów o kraje zakaukaskie między Rosją, Persją i Turcją. W 1804 roku wojska rosyjskie wkroczyły do Armenii i doszło do bitwy między nimi a armią perską w tymże roku, pod Eczmiadzynem, w której Persowie ponieśli klęskę, ale i Rosjanie nie mogli się wtedy tam utrzymać. Ostatecznie jednak w wyniku dalszych działań wojennych, w 1828 tereny te zdobyła nowa kaukaska potęga – Rosja. Z Persji powrócili Ormianie przesiedleni tam przymusowo przez szachów i Eczmiadzyn zaczął się spokojnie odradzać i rozwijać. Jednakże panowanie rosyjskie przyniosło również istotne zmiany m.in. właśnie dla władz kościelnych w Armenii, a szczególnie w Eczmiadzynie.