Zaangażowany w ruch ekumeniczny, współpracował z Tygodnikiem Powszechnym, Znakiem i Więzią.
W 1950 lub 1951 roku miał być niejawnie konsekrowany przez mariawickiego biskupa Wacława Marię Bartłomieja Przysieckiego i biskupów starokatolickich z Utrechtu na tzw. „biskupa ekumenicznego”. Świadkami konsekracji mieli być ks. Władysław Paschalis z Kościoła Ewangelicko-Reformowanego (który potajemnie był też mariawickim zakonnikiem), siostra diakonisa Ewelina Krygiel z Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego i ks. Bernard Kukla, mariawicki proboszcz. Wydarzenia tego nie potwierdzają dowody pisemne.
W roku 1951 objął funkcję prezesa Synodu, co oznaczało podporządkowanie Kościoła władzom. W roku 1952 z polecenia UdSW nadzorował „akcję mazurską” mającą na celu usunięcie metodystów z regionu. W 1980 roku Departament IV MSW ocenił, że Michelis w latach 1945-1963 zajmował stanowisko nieprzychylne wobec władz PRL.