Gdy w 1265 roku armia Mameluków zdobyła Hajfę, zniszczone zostały fortyfikacje obronne i większość domów. Arabowie uczynili tak, aby nie dopuścić do powrotu chrześcijan z Europy. Informacje z dziejów miasta od XIII wieku do XVI wieku są bardzo znikome, a na pierwszy plan wysunęła się pobliska Akka. W 1761 roku beduiński władca Akki, Daher el-Omar zdobył i zniszczył Hajfę. Miasto zostało wówczas odbudowane w nowym miejscu, z nowymi murami obronnymi. To wydarzenie wprowadziło Hajfę we współczesną erę. Po śmierci El-Omara w 1775 roku, miasto pozostawało pod władzą Imperium Osmańskiego do 1918 roku, z wyjątkiem dwóch krótkich okresów: w 1799 roku Hajfę zdobył Napoleon Bonaparte podczas swojej kampanii w Syrii i Palestynie. Jednakże jeszcze w tym samym roku musiał wycofać się do Egiptu. Natomiast w latach 1831–1840 egipski wicekról Muhammad Ali ze swoim synem Ibrahim Pasza zdobyli przejściowo Palestynę. W następnych latach Hajfa pozostawała w Imperium Osmańskim. Znaczenie miasta stopniowo rosło, podczas gdy pobliska Akka podupadała. Jednak punktem zwrotnym w historii Hajfy okazało się osiedlenie w mieście w 1868 roku niemieckich chrześcijan z ruchu Tempelgesellschaft. Utworzyli oni w Hajfie niemiecką kolonię, przy której powstała elektrownia, fabryki i linia kolejowa łącząca miasto z Akką, Nazaretem i Tyberiadą.