Podczas potopu szwedzkiego kościół został zniszczony. W połowie XVIII w. wymieniono w kościele dach i sufit. W 1789 r. świątynia ucierpiała ponownie podczas pożaru miasta. Wnętrze kościoła bardzo ucierpiało podczas przemarszu wojsk napoleońskich w 1812 r. mały|left|Fasada kościoła W latach 1806–1837 kościół nie był użytkowany ze względu na zły stan, w latach 1806–1807 pełnił funkcję więzienia, a następnie piekarni. W 1820 r. ks. Michał Wierzbowski, wykonał kosztorys remontu, który został zatwierdzony przez rząd. Nowy proboszcz ks. Wawrzyniec Stokowski za czasów swojego poprzednika był wikariuszem w parafii, nie podjął większych prac remontowych w kościele, ale czynił starania, aby kościół nie uległ większemu zniszczeniu. W latach 1835–1882 proboszczem parafii był ks. Ignacy Wielgolawski. Drewniana podłoga oraz balustrada oddzielająca prezbiterium od nawy głównej zostały wykonane w 1839 r. Ogrom prac musiał być dość znaczny, bowiem w 1849 roku pleban przyjął do pracy w parafii wikariusza, ks. Ignacego Szyszkowskiego. Ostatnim przedsięwzięciem ks. Wielgolawskiego w zakresie remontu świątyni była budowa bocznej kruchty od strony północnej oraz murowanego chóru muzycznego, posiadającego drewnianą balustradę, wysuniętego trójbocznie, wspartego na dwóch kwadratowych filarach. Pod chórem wykonano sklepienie kolebkowe z lunetami.