Po walce z Pacquiao jeszcze dwukrotnie zdołał obronić swoje mistrzowskie pasy. 18 września 2004 pokonał na punkty późniejszego mistrza IBF w kategorii piórkowej Orlandem Salido. 7 maja 2005 takim samym rezultatem zakończyła się jego walka z Victorem Polo. W sierpniu 2005 IBF odebrała Márquezowi tytuł mistrzowski, ponieważ nie udało się zorganizować walki z oficjalnym pretendentem do tytułu Phafrakorbem Rakkietgymem. W konsekwencji WBA odebrała Márquezowi status Super Mistrza (Super Champion) i nakazała walczyć z posiadaczem zwykłego pasa mistrzowskiego w tej kategorii wagowej Chrisem Johnem. Walka odbyła się 4 marca 2006 – Márquez przegrał ją na punkty jednogłośną decyzją sędziów.
Tytuł tymczasowego mistrza świata WBO w kategorii piórkowej W sierpniu 2006 wygrał przez techniczny nokaut w siódmej rundzie z Terdsakiem Jandaengiem. Stawką pojedynku był tytuł tymczasowego mistrza świata WBO w kategorii piórkowej, ponieważ dotychczasowy mistrz Scott Harrison nie był w stanie bronić swego tytułu z powodu problemów zdrowotnych. W listopadzie tego samego roku, broniąc wywalczonego trzy miesiące wcześniej tytułu, znokautował w dziewiątej rundzie Jimrexa Jaca.