Nazewnictwo geograficzne Podobnie jak w wielu innych tłumaczeniach japońskich nazw geograficznych, również w tym przypadku występują pewne rozbieżności. Japońską nazwę morza Seto-naikai można przetłumaczyć jako „Wewnętrzne Morze Cieśnin”. Wynika to z niezliczonej ich ilości pomiędzy setkami wysp. Różnorodność cieśnin odzwierciedla japońskie nazewnictwo: seto, suidō, kaikyō, kaimon i naruto (cieśnina pełna wirów, rycząca w czasie pływów). Wszystkie te słowa oznaczają morską cieśninę lub kanał morski i występują w nazewnictwie geograficznym na tym morzu (stąd np. cieśniny: Bungo i Kii są opisane na mapach jako kanały).
Aby nie mylić nazwy tego morza z ogólną definicją „morza wewnętrznego” (lub śródlądowego) i innymi akwenami o tej nazwie, używa się również nazw: Japońskie Morze Wewnętrzne lub Wewnętrzne Morze Japońskie (ta ostatnia pojawia się też w piśmiennictwie polskim), po angielsku: Seto Inland Sea, Inland Sea of Japan lub Inland Sea of Seto. Wiele wydawnictw określa jednak akwen jako "Morze Wewnętrzne", zaznaczając, że to nazwa własna jedynie z użyciem wielkich liter (przykładowo wydawnictwo Cavendish, Smith i inni czy J. Spencer).